O Conselho Pedagógico integra, no seu funcionamento, formações restritas, denominadas de comissões permanentes.
Estes grupos têm como competência própria a resolução dos assuntos no âmbito das áreas que a cada uma correspondam e exercem as competências que, no mesmo âmbito, (e salvo as exceções previstas no Regimento) lhes sejam delegadas pelo Conselho Pedagógico, na sua formação originária.
Encontram-se constituídas as comissões permanentes seguintes:
- Comissão permanente para os assuntos correntes;
- Comissão permanente para a avaliação e qualidade pedagógicas;
- Comissão permanente para a cooperação e inovação.
São constituídas por um mínimo de três e máximo de cinco membros, incluindo obrigatoriamente o Presidente ou um dos presidentes adjuntos, e representantes em número igual dos docentes e dos estudantes, de modo a assegurar e a refletir, na medida do possível, a composição do Conselho Pedagógico.